総合研究所は、平成16年4月、本学の理念である『持続可能な社会発展をもたらすための人材育成と学術研究』を実現すべく開設され、学生の高度な教育を主目的とし、学内の研究活動の活性化、研究の産官学間の連携推進、それらの研究成果の社会への還元を使命としています。革新的研究を推進する各センターからなる「イノベーション研究機構」、持続可能な都市研究を進める各ユニットからなる「未来都市研究機構」、さらに卓越教員研究室、重点推進研究ユニット、インキュベーション・ラボから構成されます。今日の社会が直面する様々な問題、分野融合的な課題を解決する技術革新を、全学組織としての総合研究所が、都市大の中核となって進めています。